آفات پروانه ای پنبه، از مهمترین آفات این محصول محسوب می شوند. روشهای معمول مدیریت آفات برای این نوع آفت کارایی چندانی ندارند. استفاده گسترده از سموم شیمیایی آفت کش نیز سلامت انسان و محیط زیست را به خطر انداخته است. دکتر سید الیاس مرتضوی (بیوتکنولوژیست و عضو هیئت علمی پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی) تولید ملی پنبه تراریخته یا اصلاح ژنتیکی شده نوین را به عنوان راهکار مدیریت آفات پروانه ای پنبه و کاهش مصرف سموم شیمیایی معرفی می کند.