بنابر برخی از پژوهشها یکی از مهمترین مشکلات سازمانهای مردمنهاد، مسائل مالی است. مرکز پژوهشهای مجلس به تازگی در گزارشی با عنوان: «بررسی و آسیب شناسی الگوی تامین مالی تشکلهای مردم نهاد در ایران» که دفتر مطالعات اجتماعی آن را تهیه کرده است، تاکید دارد که این تشکلها عمدتا از راه اخذ کمک، درآمدزایی و سرمایهگذاری منابع مالی مورد نیاز خود را تامین میکنند. در این گزارش تاکید شده است: «الگوی تامین مالی این تشکلها نباید به صورتی باشد که ماهیت غیردولتی آنها دچار خدشه شود یا اینکه ماهیت اجتماعی آن استحاله و به بنگاهی اقتصادی تبدیل شوند.» این گزارش تاکید دارد که ساختار مالی تشکلها در ایران، ایرادها و آسیبهایی دارد که از جمله آن میتوان به شفافیت نداشتن در حوزه تامین منابع مالی، الگوی نادرست تخصیص منابع دولتی به تشکلها و تعارض منافع در حوزه مدرسه سازی، سلامت و درمان و موضوعاتی چون پولشویی و تطهیر فساد اشاره کرد.