یکی از اساسی ترین انتقاداتی که به نظام مالیاتی کشور در حوزه بازار مسکن از سوی منتقدان وارد می شود فرمول و نحوه محاسبه مالیات بر نقل و انتقال ملک است. مطابق با فرمول پیش بینی شده در مالیات بر نقل و انتقال، قیمت پایه مالیات، به جای اینکه قیمت روز ملک معامله شده، در نظر گرفته شود، قیمت منطقهای تعیین شده است. قیمت منطقهای در حال حاضر در تهران، کمتر از 5 درصد قیمت روز مسکن است. مهدی موحدی، سخنگوی سازمان امور مالیاتی می گوید: این موضوع یک نقش و اشکال قانونی است که در آینده ای نه چندان دور اصلاح خواهد شد. او درباره چگونگی اخذ انواع مالیات از بازار مسکن و نقش سازمان امور مالیاتی در این حوزه توضیح داده است.