قصه ی سریال پایتخت 5 درباره یک خانواده است که هر بار ماجراهایی را تجربه میکنند. خانواده نقی معمولی به دلایل منطقی مجبور میشوند سر از یک کشور خارجی (قبرس) در بیاورند و آنجا با ماجراهایی گره میخورند که همبستگی خانواده، عشق و علاقه آنها به همدیگر، اهمیت وطن و دور هم بودن را بیشتر از گذشته درک میکنند…