داستان بازی هم زمان با اتفاقات رزیدنت اویل 2 رخ می دهد. شهر راکون سیتی گرفتار یک فاجعه عظیم شده و حالا یکی از اعضای S.T.A.R.S که جیل ولنتاین نام دارد، در این شهر گیر افتاده است. کمپانی آمبرلا (Umbrella) که در شهر راکون سیتی در حال انجام یک سری آزمایش های محرمانه بود، باعث وقوع فاجعه ای شد که ممکن بود به انقراض انسان ها منجر شود. جیل ولنتاین به همراه تیم استارز درحال تلاش بود تا از این آزمایش های محرمانه سر در بیاورد و آنها را افشا سازد؛ اما خود را در مخمصه ای جدید و خطرناک می اندازد و...