Halo Wars 2 بازی علمی تخیلی است که چند سال پس از وقایع Halo 5 اتفاق می افتد. حال سفینه جنگی UNSCC نسخه اول که Spirit of Fire نام داشت، وارد یک خواب ابررسانایی (Cryosleep) شده است. از طرفی با رخ دادن این رویداد، جنگ بین انسان ها و کاوننت ها نیز به پایان رسیده است و مهم تر از همه، مشخص شده سفینه Spirit of Fire با تمام خدمه اش گم شده است.