قصه سریال «پایتخت ۶» با فوت بابا پنجعلی آغاز میگردد و روح پنجعلی در سریال حضور دارد و اعضای بدن او اهدا میگردد. بهبود فریبا پس از سالها به ایران بازمیگردد اما ماجراهایی برایش پیش میآید که فهیمه را از شوهرش دلسرد میکند. بهتاش که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود حالا دروازهبان باشگاه فوتبال نساجی مازندران شدهاست و سیاسی شدن نقی معمولی شخصیت اصلی قصه یکی از دیگر جذابیتهای سریال است.