دلیل استعفای حجتی و خداحافظی اش، چندان روشن نیست، اما برخی معتقدند او عملکرد قابل دفاعی در وزارت جهادکشاورزی داشته و خودکفایی گندم به عنوان یک محصول استراتژیک با توجه به تلاش هایی که در سطح بین المللی برای آسیب زدن به کشور انجام می شود، بهترین اقدام او بوده است.