کتاب دو قرن سکوت تحت تأثیر دو واقعه نوشته شده است: غربزدگی- حمله به اسلام و تقدیس ایران باستان. نویسنده با این پیش زمینه ذهنی، قضاوت خود را خدشه دار کرده و اصل بیطرفی در پژوهش را زیر سوال برده است. البته برای جبران این کار، کتاب کارنامه اسلام را نوشت.