علی مرادخانی در ۱۳۳۷ خورشیدی در قم به دنیا آمد و در رشته روانشناسی از دانشگاه تهران فارغ التحصیل شد. آغاز فعالی هنری مرادخانی پس از پایان تحصیلات، فعالیت هنری خود را از ۱۳۵۹ خورشیدی به عنوان مدیر کل تولید فیلم و عکس وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی آغاز کرد و پس از آن از ۱۳۶۳ تا ۱۳۶۵ خورشیدی به مدیرکلی همکاریهای سمعی و بصری و مدیرکل آموزش فیلمسازی منصوب شد. وی پس از آن مدیریت مرکز سرود و آهنگ های انقلابی برعهده گرفت و از سال ۱۳۶۹ خورشیدی عهدهدار مدیریت موسیقی کشور شد و سپس در عنوان هایی همچون مشاور وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی و مدیریت موزه موسیقی خدمت کرد.