در فصل سوم مایکل اسکافیلد به جرم قتل به زندان میافتد طی این مدت سازمان سارا و الجی را گروگان میگیرد و از مایکل میخواهد که یکی از افرادشان به نام جیمز ویسلر را فراری دهد. در این فصل سازمان برای زهر چشم گرفتن از مایکل سر زنی را به لینکلن باروز برادر مایکل نشان میدهد و ادعا میکند که این سر سارا تانکردی است و آنها سارا را کشتهاند. مایکل با شنیدن خبر کشته شدن سارا تصمیم میگیرد تا بعد از خروج از سونا انتقام او را از افراد سازمان بگیرد.