بیست سال پس از وقایع انقلابهای ماتریکس ، نئو بهعنوان توماس آ. اندرسون در سانفرانسیسکو زندگی به ظاهر عادی دارد، جایی که درمانگرش برای او قرصهای آبی تجویز میکند . نه او و نه ترینیتی یکدیگر را نمی شناسند. با این حال، مورفیوس قرص قرمز را به او پیشنهاد می کند و دوباره ذهنش را به دنیای ماتریکس باز می کند.