12 سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه ای به نام کیوبی (روباهی غول پیکر با 9 دم) به کونوها حمله می کند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم (بزرگسالان) کونوها او را همان کیوبی می بینند و از او تنفر دارند. بنا به فرمان هوکاگهٔ سوم هیچ کس حق ندارد در مورد وقایع رخ داده