مایکل اسکوفیلد از داستان باید از زندان فرار کند. با این تفاوت که نه نقشه زندان را دارد و نه زندان نگهبانی درستی دارد. گروهی از زندانیان مدیریت زندان را بر عهده گرفتهاند و در دعواهای دو نفره اختلافات را حل میکنند. در فصل سوم مایکل اسکافیلد به جرم قتل به زندان میافتد طی این مدت سازمان سارا و الجی را گروگان میگیرد و ...