داستان سریال دونگ یی به زمان سلطنت شاه سوکجونگ از پادشاهان دودمان جوسان میپردازد. شخصیت اصلی مجموعه، دختر جوانی است به نام دونگ یی که پدرو برادر خود را در کودکی از دست داده و به عنوان خدمتکار، ناخواسته وارد دربار سلطنتی کره میشود. او موفق میشود اعتماد ملکه را به دست آورده و وارد بخش تحقیقات شود. او کم کم موفق به دیدار امپراطور می شود و این دیدار ها باعث ایجاد علاقه در دل امپراطور می شود