12 سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه ای به نام کیوبی به کونوها حمله می کند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم کونوها او را همان کیوبی می بینند و از او تنفر دارند.بنا به فرمان هوکاگهٔ سوم هیچ کس حق ندارد در مورد وقایع رخ داده مرتبط با حملهٔ کیوبی حرفی بزند؛ برای همین..