۱۲ سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه ای به نام کیوبی (روباهی غول پیکر با ۹ دم) به کونوها حمله می کند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به دنیا آمده زندانی کند. ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم (بزرگسالان) کونوها او را همان کیوبی می بینند و از او تنفر دارند. بنا به فرمان هوکاگهٔ سوم هیچ کس حق ندارد در مورد وقایع رخ داده مرتبط با حملهٔ کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی دانند.